ศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์  เริ่มจัดตั้งขึ้นครั้งแรกในประเทศศรีลังกา จากนั้นได้ขยายไปยังประเทศอื่นที่มีพระภิกษุชาวลังกา
ไปจัดตั้ง สำหรับประเทศไทย ศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์เริ่มกำเนิดขึ้นเมื่อประมาณ ปี พ.ศ. ๒๔๙๖-๒๕๐๐ โดยพระพิมลธรรม 
(อาจ อาสภมหาเถร) สังฆมนตรีว่าการองค์การปกครอง (สมัยพระราชบัญญัติการปกครองคณะสงฆ์ พ.ศ. ๒๔๘๔) อธิบดีสงฆ์ (เจ้าอาวาส) 
วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์องค์ทุติยสภานายกมหาวิทยาลัยจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยในพระบรมราชูปถัมภ์ ซึ่งมีสมณศักดิ์ สุดท้ายเป็นที่
สมเด็จพระพุฒาจารย์ ได้เดินทางไปดู กิจการพระพุทธศาสนาที่ประเทศพม่าและศรีลังกา เห็นพระสงฆ์ในประเทศพม่าและศรีลังกาจัด
ระเบียบการสอนศีลธรรมแก่เด็กและเยาวชนได้ผลดีมาก และจัดการสอนเฉพาะวันอาทิตย์ เมื่อท่านเดินทางกลับมาประเทศไทย จึงได
้ปรารภถึง การสอนศีลธรรมของพระสงฆ์ในประเทศพม่า และศรีลังกาแก่พระเจ้าหน้าที่บริหารและพระนิสิตของมหาจุฬาลงกรณ
ราชวิทยาลัย และมีดำริว่า "โรงเรียนพุทธศาสนาวันอาทิตย์ สมควรจะได้จัดให้มีขึ้นในประเทศไทยบ้าง เพราะว่าเด็กและเยาวชนมีความ
สนใจในพระพุทธศาสนา อยู่แล้ว ซึ่งจะทำให้เป็นกำลังสำคัญของพระพุทธศาสนาต่อไป และยังเป็นการส่งเสริมในด้านการเผยแผ่
พระพุทธศาสนาอีกประการหนึ่ง อีกทั้งเป็นการให้โอกาสแก่เด็ก และเยาวชนได้ศึกษา และรู้จักหลักธรรมในพระพุทธศาสนาได้ถูกต้อง
ตามสมควรแก่วัยของตน " ประกอบกับในสมัยนั้น พระเจ้าหน้าที่และพระนิสิตของมหาจุฬาลงกรณ์ราชวิทยาลัยได้นำบุตรหลาน
ของข้าราชการ พ่อค้า และประชาชนทั่วไป ที่สนใจมาฟังบรรยาย ฝึกสมาธิในวันอาทิตย์ ซึ่งพากันวิ่งเล่นบริเวณลานอโศกวัดมหาธาตุฯ 
มาเล่านิทานและสอนธรรมะ  นอกจากนั้นทางโรงเรียนและมหาวิทยาลัยต่างๆ ได้อาราธนาพระสงฆ์ดังกล่าวไปสอนธรรมะอบรมศีลธรรม
แก่นักเรียนและนักศึกษาอีกด้วย ดังนั้นพระเจ้าหน้าที่และพระนิสิตมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย  จึงดำเนินการขอเสนออนุมัติ ต่อทางสภา
มหาวิทยาลัย  เพื่อเปิดสอนโรงเรียนพุทธศาสนาวันอาทิตย์ขึ้น ได้รับอนุมัติให้เปิดทำการสอน เมื่อวันที่ ๑๓ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๐๑
จึงนับได้ว่าเป็นโรงเรียนพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์แห่งแรกในประเทศไทย หลังจากนั้นก็ได้รับความสนใจ  มีการจัดตั้งขยายไปยัง
วัดต่างๆ ทั่วประเทศ
                    ต่อมาทางราชการจึงได้พิจารณาเห็นว่า สภาพสังคมไทยกำลังเปลี่ยนแปลงไปจากสังคมเกษตรกรรมเป็นสังคมอุตสาหกรรม
 ประชาชน ส่วนใหญ่ต่างก็มุ่งแต่จะประกอบภารกิจเกี่ยวกับอาชีพการงานที่รัดตัว โดยไม่มีเวลาสนใจเข้าวัดปฏิบัติธรรมหรือ
ประพฤติตนในฐานะเป็น พุทธศาสนิกชนที่ดี เด็กและเยาวชนที่เกิดมาในครอบครัวชาวพุทธ จึงขาดแบบอย่างที่ดีในการประพฤติ
ปฏิบัติตนตามหลักของพระพุทธศาสนา ดังนั้นหากทางราชการสนับสนุนให้วัดในฐานะที่เป็นศูนย์กลางของชุมชนได้จัดตั้งโรงเรียน
พระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ขึ้นโดยเน้นให้พระสงฆ์ เป็นผู้อบรมสั่งสอน ก็จะเป็นการส่งเสริมให้เด็กและเยาวชนได้รับการอบรม
 ปลูกฝังคุณธรรมจริยธรรมตั้งแต่วัยการศึกษา และได้ใช้เวลาว่าง จากวันหยุดการศึกษาได้ศึกษาหลักธรรมทางพระพุทธศาสนา
 และนำไปประพฤติปฏิบัติในชีวิตประจำวันได้ถูกต้องตามสมควรแก่วัย ทั้งยังเป็น การส่งเสริมและสนับสนุนให้วัดมีบทบาทในการ
ปฏิบัติภารกิจด้านการศึกษาสงเคราะห์และเสริมสร้างความสัมพันธ์ระหว่างบ้าน วัด และโรงเรียน ให้เป็นเอกลักษณ์ของวิถีชีวิต
ในสังคมไทยตลอดไป
                        ด้วยเหตุนี้ กรมการศาสนาในฐานะเป็นหน่วยงานของรัฐที่มีหน้าที่ด้านการรับสนองงานการพระศาสนา โดยเฉพาะพระพุทธศาสนา
ที่ต้องทำนุบำรุงส่งเสริมเป็นพิเศษในฐานะที่เป็นศาสนาประจำชาติไทยมาตั้งแต่บรรพกาล จึงได้จัดตั้งโครงการส่งเสริมการศึกษา
ศูนย์ศึกษา พระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ตั้งแต่ปีงบประมาณ ๒๕๒๐ เป็นต้นมา โดยในระยะแรกได้จัดสรรงบประมาณอุดหนุนวัดต่างๆ 
ที่เปิดดำเนินการ โรงเรียนพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ด้วยงบประมาณที่จำกัด และได้เห็นความสำคัญของการเผยแผ่ ปลูกฝังศีลธรรม
แก่เด็กและเยาวชนในรูปแบบ การศึกษาสงเคราะห์ โดยการจัดตั้งโรงเรียนพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ เพื่อสอนวิชาพระพุทธศาสนาขึ้น
ในวัด ที่ดำเนินการโดยพระสงฆ์ยิ่งขึ้น
จึงได้เสนอโครงการส่งเสริมต่อรัฐบาลเพื่อให้ได้รับงบประมาณสนับสนุนมากขึ้น ซึ่งรัฐบาลทุกสมัย ก็ได้เห็น
ความสำคัญของงานด้านนี้ว่า เป็นการ
ดำเนินงานพัฒนาคุณธรรมจริยธรรมสู่ประชาชนที่มีเด็กและเยาวชนเป็นเป้าหมายที่สำคัญยิ่ง จึงได้มีนโยบายส่งเสริมสนับสนุนด้านงบประมาณ
อย่างต่อเนื่องทุกปี
     ในปี พ.ศ. ๒๕๒๓ เพื่อให้เป็นเอกลักษณ์เฉพาะทางและสอดคล้องกับระเบียบทางราชการโรงเรียนพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ทั่วประเทศ
ได้เปลี่ยนชื่อจากคำว่า "โรงเรียน" เป็น "ศูนย์ศึกษา" จึงมีชื่อเป็นทางการมาจนปัจจุบันนี้ว่า "ศูนย์ศึกษา" จึงมีชื่อเป็นทางการมาจนปัจจุบันนี้ว่า
"ศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์" และกำหนดให้ใช้อักษรย่อว่า "ศพอ."
                           นับตั้งแต่นั้นมา ศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ก็ได้เจริญแพร่หลาย เพิ่มจำนวนขึ้นตามลำดับ อีกทั้งในปี พ.ศ. ๒๕๓๐ อันเป็นปีที่
พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชมหาราช ทรงเจริญพระชนมพรรษาครบ ๕ รอบนักษัตร ๖๐ พรรษา คณะสงฆ์และกรมการศาสนา
ได้สนับสนุนให้วัดทั่วประเทศเปิดศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ โดยกำหนดเป้าหมายให้ได้จำนวน ๖๑ ศูนย์ เพื่อน้อมเกล้าฯ ถวายเป็น
พระราชกุศลและเฉลิมพระเกียรติแด่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว
                          ปี พ.ศ. ๒๕๓๔ เพื่อการดำเนินงานของศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ ในความอุปถัมภ์ของกรมการศาสนาเป็นไปโดยสะดวก รวดเร็ว
มีเอกภาพ และมีประสิทธิภาพ กรมการศาสนาจึงได้ออกระเบียบกรมการศาสนาว่าด้วยศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ พ.ศ. ๒๕๓๔ ใช้เป็น
แนวทางในการดำเนินงาน โดยประกาศใช้เมื่อวันที่ ๒๓ พฤษภาคม ๒๕๓๔ (ปัจจุบันได้เปลี่ยนเป็นระเบียบกรมการศาสนาว่าด้วยศูนย์ศึกษา
พระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ พ.ศ. ๒๕๔๗ โดยประกาศใช้เมื่อวันที่ ๓๐ กันยายน ๒๕๔๗) ซึ่งในระเบียบนี้กำหนดให้มี (๑) แนวทางการจัดตั้งและ
ดำเนินงาน (๒) การจัดชั้นเรียนและหลักสูตรการสอน (๓) การประเมินผลการศึกษา และ (๔) การส่งเสริมอุดหนุนโดยกรมการศาสนาได้นำเสนอ
ระเบียบนี้ให้มหาเถรสมาคมรับทราบต่อมาเมื่อวันที่ ๑๗ กันยายน พ.ศ. ๒๕๓๔ เพื่อให้เป็นไปตามความในข้อ ๑๗ แห่งระเบียบกรมการศาสนา
ว่าด้วยศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ พ.ศ. ๒๕๓๔
                           เพื่อให้การดำเนินงานของศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ทั่วประเทศเป็นไปอย่างมีเอกภาพ โดยมีสำนักงานกลางเป็นศูนย์ประสาน 
ควบคุม ดูแล และส่งเสริมการจัดการศึกษา การพัฒนาบุคลากร การกำหนดและพัฒนาปรับปรุงหลักสูตร การจัดทำคู่มือครู และการผลิตสื่อการเรียน
การสอนสำหรับใช้ในศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ กรมการศาสนาได้ประกาศตั้งสำนักงานบริหารการศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์
แห่งประเทศไทย (กำหนดใช้อักษรย่อว่า สพท.) พร้อมทั้งประกาศแต่งตั้งคณะกรรมการบริหาร ซึ่งมีสมเด็จพระพุฒาจารย์ (เกี่ยว อุปเสณมหาเถร)
เจ้าอาวาสวัดสระเกศราชวรมหาวิหาร กรรมการมหาเถรสมาคม เป็นประธานกรรมการในคราวเดียวกันด้วย โดยมีหน้าที่ในการพิจารณากำหนด
นโยบาย แผนงาน และโครงการเกี่ยวกับแนวทางพัฒนาการศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ขึ้นต่อมหาเถรสมาคม และให้มีสำนักงานตั้งอยู่ที่
อาคารเฉลิมพระเกียรติ ส.ว. ชั้น ๒ ของโรงเรียนพระปริยัติธรรม วัดอนงคาราม เขตคลองสาน กรุงเทพมหานคร พร้อมทั้งประกาศแต่งตั้ง
พระปริยัติกิจโกศล (ขิม อิสฺสรธมฺโม) ปัจจุบันเป็นพระราชปัญญามุนี ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดอนงคาราม เป็นเลขาธิการ พระครูอุดมธรรมวาที 
(สำราญ อคฺควโร) ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดประยุรวงศาวาส เป็นรองเลขาธิการ และพระมหาบัว ปิยวณฺโณ วัดอนงคาราม เป็นเลขานุการสำนักงาน
โดยนอกจากจะแบ่งส่วนงานเป็นสำนักงานเลฃานุการ ฝ่ายวิชาการ ฝ่ายประชาสัมพันธ์ และฝ่ายพัสดุ ยังกำหนดให้มีสำนักงานศูนย์กลางระดับหน
ทำหน้าที่ประสานงานการดำเนินงานของศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์ ทั้งในส่วสนกลางและส่วนภูมิภาคตามเขตการปกครองคณะสงฆ์
จำนวน ๔ แห่ง คือ (๑) ศูนย์หนกลางตั้งอยู่ที่วัดประยุรวงศาวาส กรุงเทพมหานคร มีพระครูอุดมธรรมวาที เป็นประธานศูนย์ (๒) ศูนย์หนเหนือ
ตั้งอยู่ที่วัดพระสิงห์วรมหาวิหาร จังหวัดเชียงใหม่ มีพระธรรมสิทธาจารย์ เป็นประธานศูนย์ (๓) ศูนย์หนตะวันออก ตั้งอยู่ที่วัดมหาวนาราม 
จังหวัดอุบลราชธานี มีพระราชกิตติรังษี เป็นประธานศูนย์ และ (๔) ศูนย์หนใต้ ตั้งอยู่ที่วัดแจ้ง จังหวัดนครศรีธรรมราช มีพระเทพปัญญาสุธี
เป็นประธานศูนย์ โดยให้ฝ่ายการศึกษาสงเคราะห์ กองศาสนศึกษา กรมการศาสนา (ปัจจุบันสำนักพัฒนาคุณธรรมจริยธรรม กรมการศาสนา
กระทรวงวัฒนธรรม) มีหน้าที่ดูแลและรับผิดชอบสนองงานสำนักงานบริหารการศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์แห่งประเทศไทย ตามควรแก่กรณี